云居寺创建於隋唐时代，历代屡有重修扩建，成为华北地区著名寺院之一。寺院部分抗日战争时期毁於日军炮火，现仅存遗址。寺东北1.5公里处石径山上有藏径洞九座，洞内保存了自隋至明代刻制的石经板，连同寺院南端藏经穴中辽、金经板共143l2块，镌字数千万。除去重复刻造者外，计刻经112O馀部，刻工精湛，为中国佛教文化珍品之一。它是世界上最早、最全、保存最好的石刻大藏经，在中国佛教史上值得大书特书。刻制云居石径的规模，远超过北齐的音堂山摩崖石经和泰山经石峪刻经。
云居寺名称最早见於唐总章二年(669年)年石刻上，隋唐时代已具相当规模。在唐代分上寺及下寺上寺在石经山上，寺址已无考，下寺即今遗址。辽、金时代云居寺因刻造石经知名，故有“石经寺”之称。明代因在石经山东麓建东峪寺，而云居寺居山之西，故亦称“西峪寺” 清初又改称“西域云居禅林”，仍然保留着云居之名。云居寺历代屡有修葺，最後的修缮年代是清康熙三十七年(l698年）。被毁前的寺院规模宏大，寺院中路有院落五层，殿宇六进。寺依山而建，每层院落逐步升高，各层正殿之旁又有配殿，中路北侧有僧寮客舍，南北二塔分居左右，山门前引泉水流过，清泉垂柳，山雾缭绕，自然环境颇为幽美，确实是一处修行佳处。“七七事变”后寺院被日军炮火毁为一片废墟，南塔也於此时被毁。在云居寺遗址范圉内，北部及四隅的十座小石塔是劫後仅存遗物。所幸摄有云居寺被毁前照片，中日邦交恢复後，日方将当时照片送归。佛教自公元2年伊存授经东传中国后，译着经卷便是众多僧人信徒“经久不息"的一项事业。但是纸张、绢绸、木板经卷，不仅易受风、火、水、虫的破坏，也易受人为的损毁，历史上两次“法难"期间，大量的手写佛经化为灰烬，战争兵火也给佛教寺院、佛像经籍带来毁灭性灾难。造样就促使僧徒想方设法让佛法传承久远。鉴於山东泰山、河北鼓山等处的摩崖刻经得以保存，幽州僧人静琬认为经刻石上，可以地久天长，於是继承其师慧思遗志，选择了盛产汉白玉、艾叶青石，又远离幽州城的房山，开始了刻经於石、秘藏於室的艰巨工捏。静琬先是创建了石经山藏经洞和云居寺，他发愿造十二部石经。这一行动得到当时社会各方面的支待。从隋大叶中到唐初，静琬30年刻经不辍，每刻完一批石经就凿洞封存起来。贞观十三年(639年)静琬入寂他的第子玄导、僧仪、惠暹、玄法四代相续主持刻经，并得到金信公主奏赐经本四千多部作为底本，先後刻经百馀部，分藏於各藏经洞中。自隋至明，共开凿藏经洞九个 藏石经版4559块;辽金时又在寺南侧挖穴，埋藏经版1O611块。辽天庆七年(1117年)在穴旁筑塔，即“云居寺南塔”也称“压经塔”。
静琬最初所刻石经146块，一部分镶嵌于第五洞的四壁上。第五洞名“雷音洞”是九洞之中最大的一个，也是唯一一座开放式藏经洞，洞前有门可以进出，长宽各约十米，中有四根八角形石柱支撑洞顶，石柱各面均雕有小佛像共1O54尊，故称“千佛柱"。其馀各洞都是封闭式，里面叠藏石经板，洞门封锢，人不能出人。
房山石经是我国的石经宝库，也是世界的宝贵文化遗产。它对於研究我国古代文化、历史、艺术以及佛教历史和典籍都有重大价值和意义。辽金年代所刻石经，原以《契丹藏》为底本，但《契丹藏》早已失传。近年来从山西应县木塔中发现了《契用藏》残卷，与房山石经对照，完全相同。房山石经完好地保存了《契丹藏》佛经，这在世界佛经史上是件大事。房山石经是原刻石板，没有写经传抄所易产生的那种讹误、版本校勘价值极高。同时，它保存了50种以上的各版大藏经所没有的经籍。镂刻技术精淇，书法秀丽，不仅是有价值的佛教文物，也是中国书法雕刻艺术的精品。所以问世后，即名闻遐迩。在书法艺术方面，隋代刻经已是高手所书，唐代刻经更具有隋唐书法的优美风格。从石经中也可以看到我国书法风格的变迁和文字演变（如：俗写字，异体字，简化字，武周时期新造字等）情况。石经中有许多经文后面附刻有题记，这些题记是研究历代政治，经济，文化以及民风民俗的宝贵资料。从1956年开始中国佛教协会和有关部门一起，对房山石经进行了全面的调查、发掘和整理工作，目前已将部分石经进行编号，上架展览。
1981年11月中国社会科学院世界宗教研究所佛学家罗焰在洞内研修之际，於原地面拜石下五厘米处，发现一方石，下有一洞穴，内存石函、银函、玉函等，均以函函相套的方式加以密封。一号白玉石函，函盖上刻有172个字，函内还刻有83字铭文。这些文字记述了明代万历二十年(1592年)间，在石经山首次发现隋代所藏佛舍利情况。二号青石函，较上函略小;函盖上刻有“大隋大业十二年岁次丙子四月十已朔八日甲子於此函内安置佛舍利三粒原住持永劫”36字铭文。说明佛舍利在这里已珍藏l300年之久。三号汉白玉石函，有楔状抽斗盖，上有“佛舍利”以及上下款共26字。四号镀金银函，四周有青龙、白虎、朱雀、玄武四种刻线图案，盖上有花卉图案，内有木质彩绘香珠一颗、珍珠11颗。五号白玉函十分精巧，长宽各12厘米，高17厘米，里面放有两粒赤色小米粒大小的佛舍利，旁边还伴有两颗珍珠。
关於这些佛舍利的来历，据记载:隋文帝曾从一印度僧人处得到佛舍利，并於仁寿元年(601年)、仁寿二年(602年)、仁寿四年(604年)三次向全国各州颁发佛舍利，地处幽州的弘业寺和智泉寺皆有幸得到。而这两寺都距云居寺不很远。同时，云居寺创始人静碗法师原本是智泉寺僧人，是佛教天台宗慧思弟子，所似很可能当时皇帝也赐给了云居寺佛舍利。《憨山大师梦游集》和《帝京景物略》中曾记载明万历二十年在云居寺石经山雷音洞发现了三粒佛舍利。当时万历皇帝的母亲笃信佛教，於是迎入宫中供养三曰後又安放在雷音洞内，但是记载中的三粒佛舍利，现存只有两粒，据专家推断，其中一粒可能在明代万历皇帝母亲迎人宫内供养时不慎遗失或是被私自留下。目前这两粒佛舍利及相关文物被中国佛教协会保管，一俟云居寺修复後，将送回云居寺内安置，供各界人士瞻礼。
云居寺周围现存唐辽石塔及辽代砖塔共六座，互相拱卫，从而形成云居寺特殊的佛教人文景观。其中唐代(618-907年)所建方形石塔，以著名的房山石窟汉白玉为原料，精雕而成。塔分单层和密檐式两种，平面呈方形，正面辟尖拱形门，内两侧刻披甲胄金刚武士，生动逼真。其中唐开元十五年(727年)建的石塔内两壁所刻浑目高鼻供养人形象，反映出盛唐时期民族团结的繁荣景象。这批石塔是北京地区现存最早古塔，成为研究唐代幽州地区文化史和佛教史的珍贵实物资料。 1949年後，人民政府对云居寺所藏石经进行了发掘和整理。到现在还完好保存的石经就有14 278块，分别藏在对面石经山上的9个洞内和云居寺文物保管所里。1961年3月，国务院将云居寺遗址、两座辽塔、八座唐塔、藏经洞和石经，列为全国重点保护文物，并为保护这些珍贵的文物，先後对辽代北塔进行了加固维修，安装了避雷设施，为保护石经板盖了石经库，以使这些上千年的古代珍贵文物代代相传。北京市人民政府於1935年4月1曰决定修复云居寺。第一期工程，天王殿、毗卢殿已竣工开放。原云居寺千年遗物——汉白玉镌刻的圆形山门雄姿也已复原。为更好地保护石经，避免风化剥蚀，现已决定於1999年9月9曰9目9时9分9秒，将全部石经全部重新秘封於地下。石经藏而天下安，这项举措必成这佛教史上的一件大事。
云居寺因珍藏着15000余块石刻佛教大藏经被誉为"北京的敦煌"。在云居寺周围两平方公里的范围内，内云居寺，石经山藏经洞，唐、辽塔群构成了我国古代佛教文化一大宝库。房山云居寺石刻佛教大藏经始刻于隋大业年间，历经唐、辽、金、元、明六个朝代千余年，刻经1122部，3572卷，刻石14278块，分藏于石经山九个藏经洞和云居寺地穴 之中。现又将木雕《龙藏经》7.7万多块，明代经2万多卷运藏于寺。石经、纸经、木板经过这三种经本已称为世界"三绝"。陈列展览有"石经展览"。
云居寺有五大院落六进殿宇，东接上方山，西俯拒马河，占地7万多平方米，两侧有配殿和帝王行宫、僧房，并有南北两塔对峙，历史悠久，饱经沧桑。解放后，云居寺经过两次大规模修复重现庄严。云居寺古时亦有"碑海塔林"之称，现存碑20余块、塔10余座，是其宝贵的文化遗产。
石经山在云居寺东二里处，俗称小西天。海拔450米。这里不仅是房山石经刊刻起源之处，也是佛祖舍利出土之处，4196块隋唐石经为国之重宝，以雷音洞、金仙公主塔为代表的众多历史遗迹，具有极高的价值。
据考，石经始刻于隋大业十二年（公元605年），僧人静琬为维护正法，镌刻经于石。刻经事业历经隋、唐、辽、金、元、明六个朝代，绵延1039年，刻佛经1122部，3572卷，14278块，分藏于石经山9个藏经洞和云居寺地穴之中，规模之大，历时之长，是世界文化史上罕见的壮举，堪与闻名寰宇的万里长城、京杭大运河相媲美，是世上稀有而珍贵的文化遗产。
